نرخ شهریه مدارس غیردولتی هر سال توسط مناطق آموزش و پرورش تعیین و اعلام می‌شود و مؤسسان و مدیران مدارس هم موظف به رعایت آن هستند، ولی برخی مدارس آن را رعایت نمی‌کنند و خودشان هر چه تیغ‌شان ببرد از مردم پول می‌گیرند. رئیس سازمان مدارس غیردولتی معتقد است باید قانون دریافت شهریه مدارس غیردولتی مورد بازنگری قرار گیرد و نرخ شهریه مدارس غیردولتی هم سال تحصیلی آینده تعدیل شود. آنطور که مهر به نقل از مرضیه گرد نوشته کمیته‌ای با حضور مؤسسان، مدیران و کارشناسان مدارس غیردولتی برای این کار تشکیل شده است.
دریافت شهریه بدون ضابطه و خارج از عرف در برخی مدارس به‌ویژه پایتخت یکی از مسائل پیش روی مدارس غیردولتی است که در 4سال گذشته هیچگاه به آن رسیدگی نشد. رئیس سازمان مدارس غیردولتی با اذعان به بالا بودن شهریه مدارس غیردولتی گفته چون قوانین حمایتی از مدیران این مدارس وجود ندارد مؤسسان مجبور می‌شدند برای تأمین بخشی از هزینه‌های خود در قالب کمک‌های مردمی از والدین وجه مالی دریافت کنند. او پس از توجیه دریافت شهریه بالا در مدارس غیردولتی از بررسی مجدد فرمول تعیین شهریه مدارس غیردولتی سخن گفته و اینکه اجرا نشدن طرح رتبه‌بندی مدارس نیز موجب شده تا عدد و رقمی که شورای نظارت مصوب و اعلام می‌کند، با شهریه دریافتی مدارس از اولیا متفاوت باشد.
طرح رتبه‌بندی مدارس غیردولتی برای ساماندهی این مدارس قرار بود سال‌ها پیش اجرا شود که تاکنون انجام نشده است. به هر روی همه مسائل دست‌به‌دست هم داده است تا شاهد دریافت شهریه‌های بیش از 10میلیون تومانی باشیم؛ موضوعی که سال گذشته مدیرکل دفتر ارزشیابی و رسیدگی به شکایات آموزش و پرورش هم از آن انتقاد کرد و تنها به انتقاد بسنده شد.اکنون نیز گرد از دریافت شهریه 12میلیون تومانی در یکی از مدارس تهران به‌طور تلویحی انتقاد کرده و آن را نتیجه حمایت نکردن از مؤسسان این مدارس بیان می‌کند.
متأسفانه امروز شاهدیم که بسیاری از این برنامه‌های ویژه اختیاری در مدارس غیردولتی تبدیل به عرف شده در شرایطی که خانواده‌ها تمایلی به استفاده از این برنامه‌ها ندارند اما مجبور به پرداخت این هزینه‌ها هستند.یکی از قوانین حمایتی از مؤسسان مدارس غیردولتی که وزیر آموزش و پرورش هم بر آن تأکید دارد ساماندهی نیروی انسانی، تبادل نیروی انسانی بین مدارس غیردولتی، مدارس آموزش از راه دور و مناطق آموزش و پرورش است که می‌تواند برای مؤسسان اینگونه مدارس بسیار تأثیرگذار باشد.
از نگاه وزیر آموزش و پرورش خرید صندلی‌های خالی مدارس غیردولتی نیز یکی از راه‌های حمایتی است، البته بهانه آن کاهش تراکم مدارس دولتی است.تاکنون وزیر به این پرسش واکنشی نشان نداده است؛ درحالی‌که آموزش و پرورش با کمبود شدید بودجه دست و پنجه نرم می‌کند و حتی نمی‌تواند سرانه به مدارس بپردازد چگونه می‌توان با هزینه یک میلیون و 400هزار تومانی دانش‌آموزان را از مدارس دولتی به غیردولتی فرستاد؟یکی از سیاست‌های دولت دهم حمایت از توسعه مدارس غیردولتی بود که با وجود تلاش‌های زیاد استقبال چندانی از این مدارس نشده است و تنها برخی از آنها به‌ویژه در پایتخت و کلانشهرها سود هنگفتی به جیب می‌زنند.
